Séquençage Long-Reads

Le séquençage long-reads, contrairement au séquençage short-reads classique (PGM, PROTON, MiSeq, HiSeq), permet d'obtenir des informations de séquences sur de grandes longueurs (un à plusieurs centaines de kb).

La PGTB propose aux utilisateurs, dans le cadre d'un projet collaboratif, d'analyser leurs échantillons sur MinION (Oxford Nanopore Technologies).

Les molécules d'ADN vont passer à travers de pores couplés à des capteurs qui vont saisir la signature caractéristique de chaque base constitutive de la molécule à séquencer. L'acquisition des signaux électriques émis au travers des nanopores se fait en continu, 500 bases traversant un pore chaque seconde.

 

MinIOn animated

 

Les applications du séquençage long-reads sur MinION sont nombreuses :

  • séquençage de novo (complété ou non par du séquençage short-reads)
  • séquençage d'amplicons (ex : 16S ou ITS complets)
  • séquençage ARN pleine longueur
  • reséquençage
  • métagénomique
  • étude directe de la méthylation

Crédits photos : Oxford Nanopore Technologies