Génotypage SNP

Le génotypage de marqueurs SNP est réalisé au sein de la PGTB via la technologie MassARRAY System d'Agena Bioscience (anciennement Sequenom). 

Cette technologie permet l’analyse de SNP di, tri et tétra-allèliques et INDEL (jusqu'à 40 pb). La méthode consiste en la réalisation d’une première PCR locus spécifique, suivi d’une extension d’amorce avec une base modifiée (ddNTP) qui va venir s’hybrider directement sur le polymorphisme d’intérêt. En utilisant le spectromètre de masse MALDI-TOF, la masse des différentes amorces d’extension (comprenant la base modifiée) va permettre d’identifier les différents allèles.

Cette technologie très robuste offre de meilleurs résultats que les approches classiques (type KASP) et permet notamment l'analyse d'ADN dégradés ou en faible quantité (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/elps.201000483/abstract)

Différentes combinaisons sont possibles : 40 SNP sur 380 échantillons, 80 SNP sur 190 échantillons, et 160 SNP sur 95 échantillons.

 

MassArray System
Génotypage SNP sur système MassArray (Agena Biosciences)