Développement et génotypage de microsatellites par séquençage

Les microsatellites sont des marqueurs multi-alléliques hautement polymorphes qui ont de nombreuses applications dans les domaines de l’écologie, la biologie évolutive ou l’agronomie aussi bien en recherche fondamentale qu’appliquée. Ces marqueurs consistent en une succession d’un motif répété dont le nombre de répétitions varie entre allèles.

Le génotypage de marqueurs microsatellites repose encore largement sur la différence de longueur des allèles estimée à partir de méthodes électrophorétiques, les différences de taille entre allèles étant considérées comme liées à une différence du nombre de motifs répétés. Cette méthode de génotypage révèle donc seulement une partie du polymorphisme présent (les substitutions ou SNP n’étant pas observables) et peut être confondue par la présence d’insertions ou de délétion en dehors du motif répété. D’autre part, l’estimation de la taille des allèles étant une mesure relative (lié aux conditions expérimentales), une telle méthode de génotypage rend la mise en commun des génotypes entre projets ou laboratoire difficile car très sensible aux biais expérimentaux.

Fort de ce constat, nous avons développé une méthode de génotypage de microsatellites par séquençage haut-débit qui présente le double avantage de :

(1) de pouvoir révéler l’ensemble des types de polymorphismes présents dans le motif répété ainsi que dans la zone environnante

(2) de se baser sur la séquence d’ADN des allèles permettant ainsi une qualification absolue de la nature des allèles facilitant le partage de données génotypique entre projets ou laboratoires.

 

L’analyse combinée des différents types de polymorphismes sous forme d’haplotype permet également de révéler un plus grand nombre d’allèles rendant les données générées plus informatives pour un nombre donné de marqueurs analysés. Ce gain de résolution est d’autant plus important que le génotypage de microsatellites par séquençage permet de génotyper un plus grand nombre de locus.

Nous proposons un service clé en main comprenant :

  • le développement de marqueurs microsatellites (à partir de ressources génomiques préexistantes ou de séquençage aléatoire à faible profondeur pour des espèces orphelines)
  • leur amplification par PCR hautement multiplexée (30 microsatellites environ)
  • la construction des banques et leur séquençage (comprenant au maximum 383 individus par analyse dont 48 individus répétés pour validation des données lors de la première analyse servant à la mise au point)
  • l’analyse bio-informatique permettant de générer le tableau de génotypes.

Ces étapes peuvent être adaptées en fonction des besoins spécifiques (type de ressources disponible, nombre d'individus et de marqueurs à analyser, …).

SI vous êtes intéressé par ce type d’analyse, n’hésitez pas à contacter la plateforme à l’adresse  pgtb@inra.fr