Activités

L'ensemble des activités de la plateforme est consultable dans notre catalogue de prestation.

Séquençage

La PGTB propose différentes solutions de séquençage NGS adaptées à de nombreux types de projets de recherche :

  • Séquençage de génomes microbiens
  • Séquençage après capture de régions cibles (technologies SureSelect, Ion AmpliSeq)
  • Séquençage réduit du génome après digestion enzymatique (ddRAD - Seq)
  • Transcriptomique (RNA-seq : Analyse ciblée d'expression de géne et caractérisation de petit ARN non codants)
  • Reséquençage d’amplicons (Fluidigm Access Array System 48.48)
  • Métagénomique
  • Métabarcoding

La PGTB dispose de 4 séquenceurs nouvelle génération :

Oxford Nanopore Technologies MinION

Séquenceur long-reads qui génère 5 à 10Gb de séquences. La longueur de lecture maximale est de plusieurs centaines de kb.

MinION

 

Illumina MiSeq

Génère de 1 à 25 M de lectures. La longueur de lecture est de 2x75 à 2x300 pb en paired-end.

Specif_MiSeq

 

 

 

Illumina MiSeq

 

Ion Torrent PROTON

1 puce disponible générant 90 M de lectures. La longueur de lecture est de 100 à 200 pb en single-end.

 

Ion Torrent PROTON

 

Ion Torrent PGM

3 puces disponibles générant 0.5, 2.5 et 5M de lectures. La longueur de lecture va de 100 à 700 pb en single-end.

 

Ion Torrent PGM

 

Génotypage

Différentes techniques de génotypage sont disponibles à la PGTB

POUR L’ANALYSE DE SNP ET D’INDEL

Génotypage sur MassARRAY System d'Agena Bioscience (anciennement Sequenom). Cette technologie basée sur la spectrométrie de masse permet l’analyse de SNP di, tri et tétra-allèliques et INDEL (jusqu'à 40 pb). Différentes combinaisons sont possibles : 40 SNP sur 380 échantillons, 80 SNP sur 190 échantillons, et 160 SNP sur 95 échantillons.

Sequenom

 

GÉNOTYPAGE HRM

Cette méthode de génotypage, sur LightCycler 480 de Roche, est basée sur la réalisation d’une PCR en temps réel suivie d’une analyse haute résolution des courbes de fusion des fragments amplifiés. Cette analyse permet la discrimination de plusieurs allèles jusqu’à une variabilité d’un SNP unique entre deux génotypes.

GÉNOTYPAGE MICROSATELLITES

Analyse en simplex ou multiplex de microsatellites marqués (6-FAM, PET, VIC ou NED) sur séquenceur ABI3730.

 

Bioinformatique

Quatre postes de travail et un serveur NAS Synology sont à la disposition des utilisateurs pour l'analyse et le stockage de leurs données de séquençage et de génotypage. Un poste est exclusivement dédié à l'analyse des données NGS avec CLC Genomics Workbench. La PGTB dispose également d'une instance Galaxy accessible par les utilisateurs depuis leur laboratoire.

Pour un service spécifique en bioinformatique, vous pouvez contactez le Centre de Bioinformatique de Bordeaux : http://www.cbib.u-bordeaux2.fr/

Bioinformatique

 

Services support

De nombreux équipements vous sont proposés pour :

Usage Equipment

Quantification des acides nucléiques

Fluorimètres Qubit (tubes) et Infinite 200 Tecan Quant-it (plaques 96 et 384)

Spectrophotomètre NanoDrop ND1000 et ND8000 (1 à 8 ADN/ARN analysés simultanément)

Contrôle qualité des échantillons et des librairies

Bioanalyzer 2100 (Agilent Technologies)

Fragmentation des ADN par sonication

Covaris M220

 

Robotique

Pour diluer, réarranger, pooler des échantillons et distribuer les mix PCR/qPCR et les ADN en plaques 96 et 384 sur robot ChemagicSTAR d'Hamilton (une tête 96 pipettes et 8 pipettes individuelles).

Robotics