Small genome sequencing

La PGTB vous propose un service de séquençage de novo ou le reséquençage de petits génomes :

  • Le séquençage de novo consiste à obtenir la séquence d’un organisme pour lequel il n’existe pas de séquence de référence dans les bases de données publiques. Il s’agit donc de l’assemblage de données de séquences d’un génome inconnu.
  • Le reséquençage permet d’identifier les variations génomiques de type SNP et indels en alignant les séquences issues de reséquencage sur la séquence de référence.

Le séquençage de génomes microbiens entiers peut être réalisé sur la PGTB sur séquenceur MiSeq ou PROTON. La préparation de banques pour le séquençage consiste à fragmenter l’ADN génomique mécaniquement (Covaris) ou enzymatiquement (Tagmentase du kit Nextera XT Illumina ou NEBNext DNA Fragmentation Master Mix) à des tailles d’environ 200-300pb. Des adaptateurs sont ensuite ajoutés pour permettre le séquençage.

 

Sequence

 

Crédits photos : GSK