| Actualités 21/03/24 : La Newsletter N°11 de la PGTB est disponible ici. Au programme, retour sur l’année 2023 et dernières innovations en séquençage short reads Illumina sur NextSeq 2000 ! 18/03/24 : La nouvelle flow cell P4 générant 1.8 milliards de paires de reads est désormais disponible sur le NextSeq 2000 ! Elle utilise la nouvelle chimie XLEAP-SBS qui sera déployée sur les flow cell P1, P2 et P3 cet été. Plus d’informations ici. 18/12/23 : La PGTB sera fermée pour congés du 29/12 au 07/01. Nous vous souhaitons à toutes et à tous de belles fêtes de fin d’année ! |
La Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux (PGTB) est une infrastructure technologique adossée à l’UMR BIOGECO ouverte à l’ensemble de la communauté scientifique académique et aux acteurs industriels.
La PGTB fait partie de l’Infrastructure de Recherche INRAE Genomics, avec les plateformes GeT et CNRGV de Toulouse, Gentyane de Clermont-Ferrand et EPGV de d’Evry. La PGTB est par ailleurs membre du réseau France Génomique, qui regroupe les principales plateformes de génomique au niveau national. Elle est membre de la Fédération des Plateformes Labellisées de l’Université de Bordeaux et elle est labellisée Plateforme stratégique par l’INRAE (CNOC) et le GIS IBISA.
La PGTB développe et propose des services faisant appel à des technologies moyen et haut débit reposant sur le séquençage (séquençage de courts et longs fragments d’ADN, métagénomique ciblée, séquençage de génomes et de transcriptomes, métagénomique totale et métatranscriptomique, capture de gènes, …), la recherche et le génotypage de mutations (SNP, INDEL et microsatellites), la quantification de l’expression de gènes et l’analyse d’ADN environnemental, sensible ou ancien en laboratoire confiné.
Les domaines d’expertise de la PGTB
- Développement et génotypage de marqueurs microsatellites par séquençage Illumina
- Métagénomique ciblée (metabarcoding) sur séquenceurs Illumina et Oxford Nanopore Technologies
- Métagénomique et métatranscriptomique sur séquenceur Illumina NextSeq 2000
- DNAseq et RNAseq sur séquenceurs Illumina MiSeq et NextSeq 2000
- Capture Agilent SureSelect sur ADN et ADN methylé
- Séquençage long-reads Oxford Nanopore Technologies sur MinION et P2 solo
- Génotypage SNP / INDEL par spectrométrie de masse sur MassArray System (Agena Biosciences)
- Séquençage ready-to-load sur NextSeq 2000 de pools de librairies RNAseq, single-cell, ATAC-seq, Chip-seq, WGS, …
Découvrez la PGTB en vidéo !
La Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux 